Il Museo Numismatico della Zecca nasce dalla raccolta del Gabinetto Numismatico della Zecca papale che, oltre a medaglie e monete, custodiva la collezione di conii e punzoni di medaglie dei pontefici. Quando nel 1870 la vecchia Zecca Vaticana venne assorbita nei servizi del Ministero delle Finanze, tutto il materiale fu acquisito dallo Stato italiano.

Nel 1882 la stima dei beni immobili dello Stato mise in evidenza l’importanza del materiale conservato nel gabinetto e fu istituito il posto di Custode non solo per il servizio di conservazione delle collezioni ma anche per la vendita delle medaglie coniate dalla Zecca o da privati (per tale delicato incarico il funzionario doveva versare una malleveria che corrispondeva a tre anni di stipendio).

Negli anni la collezione fu arricchita con nuove acquisizioni. La più rilevante fu nel 1910, quando il Ministero del Tesoro acquistò 368 cere di Benedetto Pistrucci (1784 – 1855), incisore romano che ha svolto la gran parte della sua attività a Londra, alla Royal Mint, dove ha realizzato la “sterlina d’oro”.

Il Re Vittorio Emanuele III, inoltre, negli anni donò numerosi pezzi tratti dalla sua collezione personale.

Nel 1911 la collezione papale venne esposta nella Mostra d’arte retrospettiva a Castel S. Angelo in occasione dell’Esposizione Internazionale a Roma.

La trasformazione del Gabinetto numismatico in Museo avvenne con l’inaugurazione del nuovo edificio della Regia Zecca sull’Esquilino; venne riordinato e sistemato in tre sale al primo piano. In tale sede rimase fino al 1961 quando fu trasferito nei locali del Palazzo dei Ministeri Finanziari di via XX settembre a Roma, dove tuttora è collocato.